NetCDF を含めたビルド¶

FrontISTR は，可視化出力の Exodus II 形式（output_type=EXODUS，STEP_EXODUS）を NetCDF の C ライブラリを用いて書き出す．このページでは，NetCDF をソースコードからビルドし，それを用いて FrontISTR をビルドする手順を説明する．OS のパッケージなどで NetCDF（netcdf.h と libnetcdf）が標準の場所に入っている場合は，cmake が自動的に検出するため，このページの手順は不要である．

前提条件¶

• CMake によるビルド手順 で FrontISTR をビルドできること
• m4 がインストール済みであること（netcdf-c の configure が使う）
• zlib がインストール済みであること．ヘッダファイル（zlib.h）が無い場合は，zlib の手順でソースからビルドする

必要なライブラリ¶

FrontISTR が使うのは NetCDF の C ライブラリ（netcdf-c）だけである．

HDF5 を組み込んだ NetCDF の共有ライブラリがすでにある場合は，それを使ってもよい．

NetCDF のビルド¶

以下では，NetCDF のインストール先を環境変数 NETCDF_ROOT に設定して進める．FrontISTR の cmake もこの環境変数を参照して NetCDF を探す．インストール先は書き込み権限のある任意のディレクトリでよい．

export NETCDF_ROOT=$HOME/local/netcdf

以下のコマンド例は netcdf-c 4.10.1，zlib 1.3.2 の場合である．ほかの版を使う場合はファイル名を読み替える．

zlib¶

zlib のヘッダファイルがシステムに無い場合だけ，zlib のリリースページ からソースコードを取得し，NetCDF と同じインストール先に入れる．

curl -LO https://github.com/madler/zlib/releases/download/v1.3.2/zlib-1.3.2.tar.gz
tar xzf zlib-1.3.2.tar.gz
cd zlib-1.3.2
./configure --prefix=$NETCDF_ROOT
make
make install

netcdf-c¶

Unidata のダウンロードページ から netcdf-c のソースコードを取得し，ビルド・インストールする．

curl -LO https://downloads.unidata.ucar.edu/netcdf-c/4.10.1/netcdf-c-4.10.1.tar.gz
tar xzf netcdf-c-4.10.1.tar.gz
cd netcdf-c-4.10.1
./configure --prefix=$NETCDF_ROOT --disable-hdf5 --disable-libxml2 --disable-dap
make -j$(nproc)
make install

--disable-hdf5 は，NetCDF-4 形式の読み書きに使う HDF5 を組み込まない指定である．指定しないと configure は HDF5 を探し，見つからなければ Can't find or link to the hdf5 library. を出力して止まる．

--disable-libxml2 は，XML の解析に libxml2 を使わず，netcdf-c に同梱のパーサーを使う指定である．指定しないと configure は libxml2 の開発用パッケージに含まれる xml2-config を探し，見つからなければ Cannot find xml2-config utility. を出力して止まる．

--disable-dap は，遠隔のデータにアクセスする DAP の機能を組み込まない指定である．指定しないと，libcurl のヘッダファイル（curl/curl.h）が無い環境では，make が curl/curl.h: No such file or directory を出力して止まる．

zlib を前述の手順で入れた場合は，その場所を configure に渡す．

./configure --prefix=$NETCDF_ROOT --disable-hdf5 --disable-libxml2 --disable-dap \
  CPPFLAGS=-I$NETCDF_ROOT/include LDFLAGS=-L$NETCDF_ROOT/lib

FrontISTR のビルド¶

NETCDF_ROOT を設定したまま，CMake によるビルド手順 と同じように cmake を実行する．

cd FrontISTR
mkdir build
cd build
cmake -DWITH_NETCDF=ON ..
make -j$(nproc)

cmake は $NETCDF_ROOT/include の netcdf.h と，$NETCDF_ROOT/lib（または lib64）の libnetcdf を，システムの標準の場所より先に探す．見つかると，次のような行が出力される．

-- Found NetCDF: /home/user/local/netcdf/lib/libnetcdf.so

WITH_NETCDF は NetCDF が見つかれば既定で ON になるが，-DWITH_NETCDF=ON を明示すると，見つからなかったときに NetCDF not found, Exodus output disabled の警告が出る．また，NetCDF を入れる前に cmake を実行したビルドディレクトリでは WITH_NETCDF が OFF のままキャッシュに残っているため，この指定で ON にする．

有効になったことの確認¶

fistr1 -v を実行すると，ビルド時の設定が表示される（解析の実行時にも，はじめに同じ内容が表示される）．NetCDF を有効にしたビルドでは，option: の行に --with-netcdf が含まれる．

$ ./fistr1/fistr1 -v
...
build:
  ...
  option:    "-p --with-tools ... --with-netcdf "

可視化出力の形式に EXODUS を指定して解析を実行し，拡張子 .exo のファイルが作られることでも確かめられる（→ 可視化形式への出力）．

実行時の共有ライブラリの指定¶

ビルドディレクトリの fistr1/fistr1 には NetCDF のライブラリの場所が記録されるため，そのまま実行できる．cmake --build . --target install でインストールした fistr1 には記録されないため，実行時に libnetcdf.so が見つからず，error while loading shared libraries: libnetcdf.so.22（数字は netcdf-c の版による）を出力して止まる．実行前に LD_LIBRARY_PATH に NetCDF のライブラリの場所を加える．

export LD_LIBRARY_PATH=$NETCDF_ROOT/lib:$LD_LIBRARY_PATH

zlib を NetCDF と同じインストール先に入れた場合は，この指定で zlib も見つかる．

関連項目¶

• 必須・オプション依存ライブラリ
• CMake によるビルド手順
• メッシュ・データ変換